Tras su séptimo descalabro en Liga, más dos duelos que culminaron en derrota en la Copa MX contra Zacatepec y los Dorados de Sinaloa, ésta tarde la Directiva del Querétaro, dio a conocer a través de sus redes sociales la salida de Rafael Puente Jr. de la institución albiazul.

Puente llegó a los Gallos Blancos en el Apertura 2018 para sustituir a Luis Fernando Tena quien concluyó el Clausura 2018, acumulando 7 encuentros perdidos, 6 empates y 4 derrotas en el banquillo.

En su primer torneo con los emplumados, Puente ligó 7 victorias, 5 derrotas e igual número de empates, logrando ingresar a los Gallos nuevamente a Liguilla tras tres años de sequía, donde los queretanos cayeron estrepitosamente en cuartos de final contra Cruz Azul, con un marcador global de 3 goles a 1.

Al iniciar este torneo, no se veía un buen panorama para los albiazules, con la salida de Volpi y Mier, más la llegada tardía de algunos refuerzos, los Gallos iniciaron su travesía en el Apertura 2019, dónde los números no respaldaron a Puente Jr., quién por más que intentaba con distintas combinaciones en las alineaciones no logró sacar los resultados deseados.

Tras siete jornadas, con cero puntos en el Clausura 2019, igualando al peor inicio de torneos cortos en la historia, la Directiva se decidió a dejar de respaldar a Puente y destituirlo para así buscar la forma de resarcir el camino de los emplumados.